นักวิทยาศาสตร์ค้นพบแหล่งพลังงานลึกลับชนิดใหม่ ทำให้ประชากรโลกมีความเห็นแบ่งเป็น 2 ฝ่าย Enlightened ฝ่ายที่ต้องการใช้พลังงานนี้ปรับเปลี่ยนมนุษยชาติไปสู่ยุคใหม่ (สีเขียว) Resistance ฝ่ายที่ต่อต้านแนวคิดของ Enlightened และต้องการปกป้องมนุษย์ในปัจจุบันเอาไว้ (เป็นสีฟ้า) แต่ละฝ่ายจึงระดม “สายลับ” หรือ agent (หมายถึงผู้เล่น) เข้ามาสนับสนุนแนวทางของตัวเองให้มากที่สุด โดยมีหน่วยงานกลางชื่อ Niantic Projectเปรียบเสมือน FBI หรือ CIA คอยสืบค้นข้อมูลของแหล่งพลังงานลึกลับ
